Idea utworzenia papieskiego Centrum narodziła się 2 stycznia 2006 roku, jako odpowiedź Kościoła krakowskiego na słowa Ojca Świętego wypowiedziane w dniu inauguracji pontyfikatu – 22 października 1978 roku: „Nie lękajcie się! Otwórzcie drzwi Chrystusowi”. Inicjatorem powstania Centrum jest kard. Stanisław Dziwisz, który dokładnie 15 lat temu podpisał dekret o jego powołaniu i zatwierdził jego statut.
W skład Centrum wszedł istniejący w Krakowie od 1995 roku Instytut Jana Pawła II.
Podczas Mszy św., odprawionej w kaplicy Pałacu Arcybiskupów Krakowskich w dniu 2 stycznia 2006 r., abp Dziwisz mówił:
„Po wielu miesiącach przemyśleń i rozpatrzeniu różnych propozycji stajemy wobec doniosłej decyzji dotyczącej utworzenia Centrum Jana Pawła II. Świadomi odpowiedzialności wobec Kościoła krakowskiego i ludzi dobrej woli, pragniemy w ten sposób nie tylko oddać hołd Wielkiemu Rodakowi, ale nade wszystko chcemy upamiętnić i utrwalić w widzialnym znaku Jego osobę wraz z całym duchowym dziedzictwem Jego pontyfikatu. Czynimy to zwłaszcza z myślą o tych, którzy przyjdą po nas, by i oni dzięki temu dziełu mogli poznać i pokochać Sługę Bożego, i w wierności Jego nauczaniu i świadectwu razem z Nim iść do Chrystusa.
Na pogrzebie Ojca Świętego podmuch wiatru zamknął księgę Ewangelii na Jego trumnie. Dla nas wraz z tym znakiem zamknięcia księgi Jego życia rozpoczął się nowy rozdział obecności Sługi Bożego w życiu Kościoła i każdego z nas. Ten nowy rozdział chcemy razem z Nim pisać, tworząc Centrum” – podkreślał hierarcha.
Kamień węgielny pod budowę poświęcił Papież Benedykt XVI podczas wizyty w Polsce w 2006 r. W czasie jego wmurowania na Białych Morzach w dniu 23 października 2010 roku kardynał Stanisław Dziwisz mówił: „To miejsce, które ma swoją kartę w historii Papieża Polaka, kartę zapisaną pracą i modlitwą. „Tak jak kościół zbudowany jest na skale, a tą skałą jest Piotr, tak chcemy, by centrum było zbudowane na skale, na Piotrze, któremu na imię Jan Paweł II. Jego życie i umieranie, świętość i zwyczajność, działalność i modlitwa są fundamentami, na których chcemy z Bożą pomocą budować. W tym miejscu pragniemy umacniać się duchową obecnością Ojca Świętego, czerpać ze skarbca Jego myśli, refleksji, rozważań i modlitw, aby odnajdywać w nich prawdę o Bogu i o człowieku oraz światło i pomoc w życiu osobistym, rodzinnym, we wspólnocie Kościoła i narodu” – podkreślał metropolita krakowski.
A więc w Imię Boże! – powiedział kard. Stanisław Dziwisz do gości zgromadzonych podczas uroczystości rozpoczęcia budowy Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się!” na Białych morzach, 11 października 2008 roku. Po blisko dwuletnich przygotowaniach ruszyła budowa papieskiego Centrum. Uroczystość zgromadziła zarówno władze lokalne Małopolski, jak i gości spoza Regionu.
Statut zakłada, że papieskie Centrum jest miejscem dialogu, upowszechnia i twórczo rozwija dziedzictwo Jana Pawła II, promuje duchowość Papieża, oraz działa na polu nauki i edukacji.
Jednym z wielu wymiarów działalności papieskiego Centrum była modlitwa o beatyfikację i kanonizację Jana Pawła II. W latach 2006-2011 w każdą pierwszą sobotę miesiąca w tej intencji były odprawiane Msze św., które w Kościele św. Piotra i Pawła gromadziły wielu przyjaciół i czcicieli Jana Pawła II. Po każdej Mszy św. odbywały się koncerty, do udziału których zapraszani byli wybitni artyści w tym znani soliści oraz chóry i orkiestry symfoniczne z całej Polski.
Kulminacyjnym wydarzeniem w ciągu 10 letniej działalności Centrum, była beatyfikacja i kanonizacja św. Jana Pawła II. To wydarzenie zainicjowało kolejny wymiar działalności papieskiego Centrum. W dniu 11 czerwca 2011 r. kard. Stanisław Dziwisz erygował Sanktuarium Świętego Jana Pawła II w Krakowie, które stało się sercem papieskiego Centrum.
W pierwszym etapie inwestycji, obok Kościoła Relikwii otwartego w roku beatyfikacji (2011 r.) powstały dwa inne obiekty: Centrum Wolontariatu oraz Instytut Jana Pawła II – obecna siedziba Instytutu Dialogu Międzykulturowego.
Otwarcie i pobłogosławienie Kościoła Górnego (2013 r.) wpisało się w drugi etap inwestycji, który objął także budowę wieży widokowej.
16 października 2016 r. w rocznicę wyboru kardynała Wojtyły na urząd Biskupa Rzymu, Jego osobisty sekretarz i ówczesny metropolita krakowski – kard. Stanisław Dziwisz konsekrował świątynię dedykowaną świętemu papieżowi.
Historycznym wydarzeniem była również wizyta na Białych Morzach papieża Franciszka. 30 lipca 2016 r. Ojciec Święty odprawił Mszę św. przy relikwiach św. Jana Pawła II.
Centrum Jana Pawła II z mieszczącym się tutaj Sanktuarium stało się szczególnym miejscem kultu św. Jana Pawła II. To tutaj przybywają ludzie z całego świata, aby modlić się przy relikwiach Świętego, a ich liczba nieustannie wzrasta.
Mówiąc o tym miejscu nie sposób zapomnieć o głównym pomysłodawcy i fundatorze Centrum-Księdzu Kardynale Stanisławie Dziwiszu, który od samego początku zaangażował się duchowo i materialnie, aby to wielkie Dzieło mogło powstać i wciąż się rozwijać. Szczególne wyrazy wdzięczności należą się również budowniczym papieskiego Centrum, wszystkim jego dobroczyńcom z Polski i z zagranicy, wspierającym dzieło modlitwą i ofiarami. To dzięki wspólnemu zaangażowaniu i wielkim sercom ludzi dobrej woli, w Krakowie na Białych Morzach powstaje wyjątkowy Dom Jana Pawła II.