La idea de crear un Centro papal nació el 2 de enero de 2006, como respuesta de la Iglesia de Cracovia a las palabras del Santo Padre el día de la inauguración del pontificado, el 22 de octubre de 1978: “¡No temáis! Abrid las puertas a Cristo”. El que inició la creación del Centro es el Card. Stanisław Dziwisz, quien hace exactamente 13 años firmó el decreto sobre su creación y aprobó su estatuto.
El Centro incluye el Instituto de Juan Pablo II, que existe en Cracovia desde 1995.

Durante la Santa Misa, celebrada en la capilla del Palacio Arzobispal de Cracovia el 2 de enero de 2006, el arzobispo Dziwisz dijo:
“Después de muchos meses de reflexión y consideración de diversas propuestas, afrontamos una decisión trascendental sobre la creación del Centro de Juan Pablo II. Conscientes de la responsabilidad ante la Iglesia de Cracovia y las personas de buena voluntad, queremos rendir homenaje al Gran Compatriota, pero sobre todo queremos conmemorar y preservar en un signo visible su persona junto con todo el legado espiritual de su pontificado. Lo hacemos especialmente por los que vendrán detrás de nosotros, para que ellos también conozcan y amen a Juan Pablo II, y en fidelidad a su enseñanza y testimonio, vayan con él a Cristo.
En el funeral del Santo Padre, una ráfaga de viento cerró el Evangelio en su ataúd. Para nosotros, con este signo de cerrar el libro de su vida, comenzó un nuevo capítulo de presencia del Papa polaco en la vida de la Iglesia y de cada uno de nosotros. Queremos escribir este nuevo capítulo con él al crear el Centro”, destacó el jerarca.

La piedra angular para la construcción fue consagrada por el Papa Benedicto XVI durante su visita a Polonia en 2006. Durante su colocación en Białe Morza el 23 de octubre de 2010, el Cardenal Stanisław Dziwisz dijo: “Es un lugar que tiene su página en la historia de Karol Wojtyła, una página escrita con trabajo y oración. Así como la iglesia está construida sobre la roca, y esa roca es Pedro, queremos que el Centro se construya sobre una roca, sobre Pedro, cuyo nombre es Juan Pablo II. Su vida y muerte, santidad y cotidianeidad, actividad y oración son los cimientos sobre los que queremos construir con la ayuda de Dios. En este punto queremos fortalecernos con su presencia espiritual, sacar del tesoro de sus pensamientos, reflexiones, meditaciones y oraciones para encontrar en ellas la verdad sobre Dios y sobre el hombre, así como la luz y ayuda en la vida personal y familiar, en la comunidad de la Iglesia y de la nación”, enfatizó el Metropolitano de Cracovia.

¡En el nombre de Dios!, dijo el Card. Stanisław Dziwisz a los invitados reunidos durante la ceremonia de inicio de la construcción del Centro de Juan Pablo II “¡No tengáis miedo!” en Białe Morza, el 11 de octubre de 2008. Después de casi dos años de preparativos, comenzó la construcción del Centro papal. La ceremonia reunió tanto a las autoridades locales de la Pequeña Polonia, así como a invitados de fuera de la región.

El estatuto asume que el Centro papal es un lugar de diálogo, difunde y desarrolla creativamente la herencia de Juan Pablo II, promueve la espiritualidad del Papa y actúa en el campo de la ciencia y la educación. Desde 2006, su presidente y constructor de todo el complejo es el Prelado Jan Kabziński.

Una de las muchas dimensiones de las actividades del Centro papal fue la oración por la beatificación y canonización de Juan Pablo II. Entre los años 2006-2011, cada primer sábado de mes por esta intención, se celebraron misas, que en las Iglesias de San Pedro y San Pablo reunieron a muchos amigos y adoradores de Juan Pablo II. Después de cada misa, hubo conciertos, a los que se invitó a destacados artistas, entre ellos famosos solistas, así como coros y orquestas sinfónicas de toda Polonia.
El evento culminante durante los 10 años de actividad del Centro fue la beatificación y canonización de San Juan Pablo II. Este evento inició otra dimensión de la actividad del Centro papal. El 11 de junio de 2011 el Card. Stanisław Dziwisz erigió el Santuario de San Juan Pablo II en Cracovia, que se convirtió en el corazón del Centro papal.

Recordemos que en la primera etapa de la inversión, además de la Iglesia de las Reliquias inaugurada en el año de la beatificación (2011), se construyeron otras dos instalaciones: el Centro de Voluntariado y el Instituto de Juan Pablo II, la sede actual del Instituto del Diálogo Intercultural.

La inauguración y bendición de la Iglesia Superior (2013) fue la parte de la segunda etapa de la inversión, que también incluyó la construcción de una torre de observación. Los trabajos de acabado aún están en curso en el edificio donde se encuentra la sede de, por ejemplo, el Museo de Juan Pablo II, pero también restaurante, cafetería, casa de peregrinos y librería.
El 16 de octubre de 2016, en el aniversario de la elección del Card. Wojtyła para el cargo de Obispo de Roma, su secretario personal y el entonces arzobispo de Cracovia, el Card. Stanisław Dziwisz consagró el templo dedicado al santo Papa.

También fue un evento histórico la visita del Papa Francisco en Białe Morza. El 30 de julio de 2016, el Santo Padre celebró la misa junto a en las reliquias de San Juan Pablo II.
El Centro Juan Pablo II con el Santuario ubicado aquí se ha convertido en un lugar especial de culto de San Juan Pablo II. Aquí es donde personas de todo el mundo vienen a rezar ante las reliquias del Santo y su número aumenta constantemente.

Al hablar de este lugar, no se puede olvidar al principal creador y fundador del Centro, el Card. Stanisław Dziwisz, quien se comprometió desde el principio, espiritual y materialmente, para que esta gran obra pudiera surgir y seguir desarrollándose. También se debe gran gratitud a los constructores del Centro papal, a todos sus benefactores de Polonia y del extranjero, que apoyaron la obra con oraciones y donaciones. Gracias al compromiso conjunto y al gran corazón de las personas de buena voluntad, se está construyendo la singular Casa de Juan Pablo II en Białe Morza de Cracovia.