Idea utworzenia papieskiego Centrum narodziła się 2 stycznia 2006 roku, w niespełna rok po pamiętnym odejściu św. Jana Pawła II do Domu Ojca. Myśl ta powstała jako odpowiedź Kościoła krakowskiego na słowa Karola Wojtyły, które cały świat usłyszał na Placu św. Piotra dnia 22 października 1978 roku, podczas uroczystej inauguracji pontyfikatu Papieża Polaka:
Nie lękajcie się! Otwórzcie drzwi Chrystusowi!
Inicjatorem powstania Centrum był kard. Stanisław Dziwisz, ówczesny metropolita krakowski, który jeszcze w tym samym 2006 roku podpisał dekret o powołaniu, jak również zatwierdził statut planowanej instytucji.
Pierwotnie, w skład Centrum wszedł istniejący w Krakowie przy ul. Kanoniczej 18 już od 1995 roku, Instytut Jana Pawła II.
Podczas Mszy Świętej odprawionej w kaplicy Pałacu Arcybiskupów Krakowskich w dniu 2 stycznia 2006 roku, abp Dziwisz w następujący sposób przedstawił zamysł przyświecający temu przedsięwzięciu: „Po wielu miesiącach przemyśleń i rozpatrzeniu różnych propozycji, stajemy wobec doniosłej decyzji dotyczącej utworzenia Centrum Jana Pawła II. Świadomi odpowiedzialności wobec Kościoła krakowskiego i ludzi dobrej woli, pragniemy w ten sposób nie tylko oddać hołd Wielkiemu Rodakowi, ale nade wszystko chcemy upamiętnić i utrwalić w widzialnym znaku Jego osobę wraz z całym duchowym dziedzictwem Jego pontyfikatu. Czynimy to zwłaszcza z myślą o tych, którzy przyjdą po nas, by i oni dzięki temu dziełu mogli poznać i pokochać Jana Pawła II i w wierności Jego nauczaniu i świadectwu, razem z Nim iść do Chrystusa”. Hierarcha dodał również: „Na pogrzebie Ojca Świętego podmuch wiatru zamknął ewangeliarz na Jego trumnie. Dla nas wraz z tym znakiem zamknięcia księgi Jego życia, rozpoczął się nowy rozdział obecności Papieża Polaka w życiu Kościoła i każdego z nas. Ten nowy rozdział chcemy razem z Nim pisać, tworząc Centrum”.
Papież Benedykt XVI poświęcił kamień węgielny pod budowę nowego obiektu podczas swojej wizyty w Polsce w 2006 roku, natomiast jego uroczyste wmurowanie miało miejsce 23 października 2010 roku. Przy tej okazji kard. Dziwisz podzielił się następującą refleksją: „To miejsce, które ma swoją kartę w historii Karola Wojtyły, kartę zapisaną pracą i modlitwą. Tak jak kościół zbudowany jest na skale, a tą skałą jest Piotr, tak chcemy, by Centrum było zbudowane na skale, na Piotrze, któremu na imię Jan Paweł II. Jego życie i umieranie, świętość i zwyczajność, działalność i modlitwa są fundamentami, na których chcemy z Bożą pomocą budować. W tym miejscu pragniemy umacniać się Jego duchową obecnością, czerpać ze skarbca Jego myśli, refleksji, rozważań i modlitw, aby odnajdywać w nich prawdę o Bogu i o człowieku oraz światło i pomoc w życiu osobistym, rodzinnym, we wspólnocie Kościoła i narodu”.
Nieco wcześniej, bo 11 października 2008 roku, podczas oficjalnej uroczystości rozpoczęcia budowy Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się!” na Białych Morzach, metropolita krakowski zwracając się do zgromadzonych gości, zainicjował nowy etap słowami: „A więc w Imię Boże!”.
I tak, po blisko dwuletnich przygotowaniach, w roku 2010 rozpoczęła się budowa papieskiego Centrum, realizowanego według koncepcji i projektu krakowskiego architekta, pana Andrzeja Mikulskiego.
Statut instytucji zakłada, że papieskie Centrum jest miejscem dialogu, upowszechniania i twórczego rozwijania dziedzictwa Jana Pawła II. Jest ono stworzone, by promować duchowość Papieża oraz by działać na polu nauki i edukacji. Od 2006 roku jego prezesem, a zarazem budowniczym całego kompleksu, był ks. prałat Jan Kabziński, który w 2011 roku został jednocześnie mianowany kustoszem Sanktuarium św. Jana Pawła II.
W czasie jego kadencji na Białych Morzach w Krakowie powstał kompleks papieskiego Centrum, w skład którego weszły następujące obiekty: Sanktuarium św. Jana Pawła II, Centrum Wolontariatu, Instytut Jana Pawła II, wieża widokowa oraz budynek Muzeum z częścią konferencyjną oraz domem pielgrzyma. Oprócz obiektów, na ponad 20 ha nieużytków powstał rozległy park z placem zabaw, parkingami oraz infrastrukturą drogową, która umożliwiła bardzo dobrą komunikację z wszystkimi częściami miasta. Pomiędzy łagiewnickim sanktuarium a Centrum Jana Pawła II powstał tak długo oczekiwany most miłosierdzia łączący miejsca kultu, a także zrealizowany przez miasto przystanek kolejowy obsługujący oba sanktuaria. Aktualnie, dzięki współpracy z miastem, po wielu latach udało się rozpocząć budowę trasy łagiewnickiej, która stanowi dopełnienie zrealizowanych wcześniej inwestycji komunikacyjnych.
Dzięki działalności ks. Kabzińskiego, który od 2011 roku pełnił funkcję pierwszego kustosza Sanktuarium św. Jana Pawła II rozwinął się tutaj kult Świętego Papieża, wynikiem czego sanktuarium stało się w ostatnich latach największym na świecie miejscem kultu Papieża Polaka.
W 2016 roku, w czasie Światowych Dni Młodzieży sanktuarium nawiedził Papież Franciszek wraz z ponad 2 mln młodych z całego świata, którzy oddali hołd św. Janowi Pawłowi II. Przez wszystkie te lata przy sanktuarium bardzo dynamicznie rozwijała się działalność duszpasterska m.in. dzięki wielu nabożeństwom zainicjowanym przez ks. Prałata. Najbardziej rozpowszechnione nabożeństwo ku czci św. Jana Pawła II, od początku istnienia sanktuarium gromadzi każdego 22. dnia miesiąca tysiące wiernych pielgrzymujących tutaj z całej Polski, aby oddać hołd św. Janowi Pawłowi II i uczestniczyć w tzw. Procesji Światła wzorowanej na procesji fatimskiej. Przy sanktuarium do dzisiaj działa również wiele grup gromadzących się wokół nauczania i myśli św. Jana Pawła II.
W imieniu wszystkich osób zjednoczonych wokół idei Centrum Jana Pawła II – przyjaciół papieskiego Centrum, darczyńców i współpracowników składamy Księdzu Prałatowi serdeczne podziękowania za wspaniałą pracę, którą wykonał i ogromne zaangażowanie oraz trud włożony w powstanie i rozwój papieskiego Centrum, a także wyjątkową troskę o zachowanie pamięci o św. Janie Pawle II w Polsce i na całym świecie.
Od 1 lipca 2018 roku funkcję kustosza objął ks. Mateusz Hosaja, który wcześniej posługiwał jako duszpasterz i wychowawca młodzieży, w latach 2012 do 2016 był Prefektem (wychowawcą kleryków) w Wyższym Seminarium Duchownym Archidiecezji Krakowskiej, a następnie w latach 2017 do 2018 pełnił w nim funkcję wicerektora. Ks. Mateusz Hosaja 11 kwietnia 2019 roku został powołany na Prezesa Zarządu Centrum Jana Pawła II “Nie lękajcie się!”. Od 2020 roku funkcję kustosza pełni ks. Tomasz Szopa.
Jednym z wielu wymiarów działalności papieskiego Centrum była wytrwała modlitwa o beatyfikację i kanonizację Papieża Polaka. W latach 2006 – 2011 w każdą pierwszą niedzielę miesiąca w tej intencji odprawiane były Msze św. w krakowskim Kościele p.w. Świętych Apostołów Piotra i Pawła, które gromadziły licznych przyjaciół i czcicieli Jana Pawła II. Po Mszach odbywały się koncerty organizowane przy współudziale wielu wybitnych artystów, w tym znanych solistów, chórów, jak również orkiestr symfonicznych z całej Polski.
Kulminacyjnym wydarzeniem dla działalności Centrum była beatyfikacja wielkiego Patrona. Zainicjowała ona nowy wymiar aktywności papieskiego Centrum: w dniu 11 czerwca 2011 roku kard. Stanisław Dziwisz, po beatyfikacji Papieża Polaka, erygował na Białych Morzach Sanktuarium Jana Pawła II, które stało się sercem papieskiego Centrum. Tam też podjęte zostały nabożeństwa z modlitwą o rychłą kanonizację Błogosławionego.
Przypomnijmy, że dzięki ofiarodawcom z kraju i z zagranicy w pierwszym etapie inwestycji, oprócz Kościoła Dolnego otwartego w roku beatyfikacji (rok 2011), powstały dwa inne obiekty: Centrum Wolontariatu oraz Instytut Jana Pawła II, aktualnie siedziba Instytutu Dialogu Międzykulturowego.
Otwarcie i pobłogosławienie Kościoła Górnego (w roku 2013) wpisało się natomiast w drugi etap inwestycji, który objął także budowę wieży widokowej.
16 października 2016 roku, w rocznicę wyboru kard. Wojtyły na urząd Biskupa Rzymu, Jego osobisty sekretarz i ówczesny metropolita krakowski, kard. Stanisław Dziwisz, konsekrował świątynię dedykowaną świętemu Papieżowi.
Do historii tego miejsca przeszła również wizyta Papieża Franciszka, który 30 lipca 2016 roku odprawił na krakowskich Białych Morzach Mszę Świętą przy relikwiach św. Jana Pawła II.