La idea de crear el Centro pontificio nació el 2 de enero de 2006, menos de un año después del memorable la marcha de San Juan Pablo II a la Casa del Padre. Este pensamiento surgió como respuesta de la Iglesia de Cracovia a las palabras de Karol Wojtyła que todo el mundo oyó en la plaza de San Pedro el 22 de octubre de 1978, durante la solemne inauguración del pontificado del Papa polaco:

¡No tengáis miedo! ¡Abrid de par en par las puertas a Cristo!

El iniciador de la creación del Centro fue el Card. Stanisław Dziwisz, el entonces metropolitano de Cracovia, quien en el mismo 2006 firmó un decreto sobre el establecimiento y aprobó el estatuto de esta institución.

Originalmente, el Centro incluía el Instituto de Juan Pablo II de Cracovia ya existente desde 1995 situado en la calle Kanonicza 18.

Durante la Santa Misa celebrada en la capilla del Palacio Arzobispal el 2 de enero de 2006, el arzobispo Dziwisz presentó la idea de la siguiente manera: “Después de muchos meses de reflexión y consideración de diversas propuestas, afrontamos una decisión trascendental sobre la creación del Centro de Juan Pablo II. Conscientes de la responsabilidad ante la Iglesia de Cracovia y las personas de buena voluntad, queremos rendir homenaje al Gran Compatriota, pero sobre todo queremos conmemorar y preservar en un signo visible su persona junto con todo el legado espiritual de su pontificado. Lo hacemos especialmente por los que vendrán detrás de nosotros, para que ellos también conozcan y amen a Juan Pablo II, y fieles a su enseñanza y testimonio, vayan con él a Cristo”. El jerarca también agregó: “En el funeral del Santo Padre, una ráfaga de viento cerró el Evangelio en su ataúd. Para nosotros, con este signo de cerrar el libro de su vida, comenzó un nuevo capítulo de presencia del Papa polaco en la vida de la Iglesia y de cada uno de nosotros. Queremos escribir este nuevo capítulo con él al crear el Centro.»

El Papa Benedicto XVI bendijo la piedra angular para la construcción de la nueva instalación durante su visita a Polonia en 2006, mientras que su ceremonia de colocación tuvo lugar el 23 de octubre de 2010. En esta ocasión, el Card. Dziwisz compartió la siguiente reflexión: “Es un lugar que tiene su página en la historia de Karol Wojtyła, una página escrita con trabajo y oración. Así como la iglesia está construida sobre una roca, y esa roca es Pedro, queremos que el Centro se construya sobre una roca, sobre Pedro, cuyo nombre es Juan Pablo II. Su vida y muerte, santidad y cotidianeidad, actividad y oración son los cimientos sobre los que queremos construir con la ayuda de Dios. En este lugar queremos fortalecernos con su presencia espiritual, sacar del tesoro de sus pensamientos, reflexiones, meditaciones y oraciones para encontrar en ellas la verdad sobre Dios y sobre el hombre, así como la luz y ayuda en la vida personal y familiar, en la comunidad de la Iglesia y de la nación.»

Un poco antes, el 11 de octubre de 2008, durante la ceremonia oficial de inicio de la construcción del Centro de Juan Pablo II, «¡No tengáis miedo!» en Białe Morza, el Metropolitano de Cracovia, dirigiéndose a los invitados reunidos, inició una nueva etapa con las palabras: «¡Por lo tanto, en el nombre de Dios!».

Así, después de casi dos años de preparativos, en 2010 comenzó la construcción del Centro pontificio, realizado según el concepto y diseño del arquitecto de Cracovia Andrzej Mikulski.

El estatuto de la institución establece que el Centro pontificio es un lugar de diálogo, difusión y desarrollo creativo de legado de Juan Pablo II. Está diseñado para promover la espiritualidad del Papa y actuar en el campo de la ciencia y la educación. Desde 2006, su presidente y constructor de todo el complejo era el prelado Jan Kabziński, quien en 2011 también fue nombrado custodio del Santuario de Juan Pablo II.

El prelado Jan Kabziński dirigió la construcción del complejo del Centro papal en Białe Morza de Cracovia, que incluye las siguientes instalaciones: el Santuario de San Juan Pablo II, el Centro de Voluntariado, el Instituto de Juan Pablo II, la torre de observación y el edificio del Museo con la sección de conferencias y la casa de peregrinos. Además de las instalaciones, se creó un extenso parque con parque infantil, aparcamientos e infraestructura vial en más de 20 ha de terreno baldío, lo que permitió una muy buena comunicación con todos los puntos de la ciudad. El Puente de la Misericordia, esperado desde hace mucho tiempo, se construyó entre el Santuario de Łagiewniki y el Centro de Juan Pablo II, conectando los lugares de culto, así como una parada de ferrocarril construida para dar servicio a ambos santuarios. Actualmente, gracias a la colaboración con la ciudad, después de muchos años hemos logrado iniciar la construcción de la ruta de Łagiewniki, que complementa las inversiones de transporte.

Gracias a las actividades del P. Kabziński, quien desde 2011 fue el primer custodio del Santuario de San Juan Pablo II, el culto al Santo Papa se desarrolló aquí, por lo que el santuario se ha convertido recientemente en el lugar de culto del Papa polaco más grande del mundo.
En 2016, durante la Jornada Mundial de la Juventud, el Papa Francisco visitó el santuario junto con más de 2 millones de jóvenes de todo el mundo que rindieron homenaje a San Juan Pablo II. Durante todos estos años, las actividades pastorales en el santuario se han desarrollado de forma muy dinámica, también gracias a los muchos servicios iniciados por el P. Kabziński. La oración más extendida en honor a San Juan Pablo II, desde la existencia del santuario reúne cada 22 del mes a miles de fieles peregrinos de toda Polonia para rendir homenaje a San Juan Pablo II y participar en la llamada Procesión de la Luz inspirada en la procesión de las velas. Hasta el día de hoy, también se reúnen muchos grupos en torno a las enseñanzas y pensamientos de San Juan Pablo II.

En nombre de todas las personas unidas en torno a la idea del Centro de Juan Pablo II: amigos del Centro pontificio, donantes y colaboradores, queremos expresar nuestra gratitud al Prelado por el gran trabajo que ha realizado, el gran compromiso y esfuerzo puesto en la creación y desarrollo del Centro, así como el cuidado excepcional por la conservación de la memoria de San Juan Pablo II en Polonia y en todo el mundo.

A partir del 1 de julio de 2018, la función de custodio fue asumida por el P. Mateusz Hosaja, que anteriormente servía como capellán y educador de jóvenes, entre los años 2012 y 2016 fue Prefecto (formador de seminaristas) en el Seminario Mayor de la Arquidiócesis de Cracovia, y luego entre los años 2017-2018 fue vicerrector. Desde el 8 de mayo de 2020, fue incluido en el grupo de Canónigos del Capítulo Catedralicio. El 11 de abril de 2019, el P. Mateusz Hosaja fue nombrado presidente de la Junta Directiva del Centro de Juan Pablo II «¡No tengáis miedo!».

Una de las muchas dimensiones de las actividades del Centro papal fue la oración persistente por la beatificación y canonización del Papa polaco. Entre los años 2006 y 2011, se celebraron las Santas Misas con esta intención cada primer domingo de mes en la Iglesia de San Pedro y San Pablo, que reunieron a muchos amigos y adoradores de Juan Pablo II. Después de las misas, hubo conciertos organizados con la participación de muchos artistas destacados, incluidos solistas famosos, coros y orquestas sinfónicas de toda Polonia.

El acto culminante de las actividades del Centro fue la beatificación de su gran Patrón que inició una nueva dimensión de la actividad del Centro pontificio: el 11 de junio de 2011, el Card. Stanisław Dziwisz, después de la beatificación del Papa polaco, erigió el Santuario de Juan Pablo II en Białe Morza, que se convirtió en el corazón del Centro papal. También hubo oraciones por su inminente canonización.

Gracias a los donantes de Polonia y del extranjero, en la primera etapa de la inversión, además de la Iglesia Inferior inaugurada en el año de la beatificación (2011), se crearon otras dos instalaciones: el Centro de Voluntariado y el Instituto de Juan Pablo II, actualmente la sede del Instituto del Diálogo Intercultural.

La inauguración y bendición de la Iglesia Superior (en 2013) fue parte de la segunda etapa de la inversión, que también incluyó la construcción de una torre de observación.

El 16 de octubre de 2016, en el aniversario de la elección del Card. Wojtyła a Obispo de Roma, su secretario personal y entonces metropolitano de Cracovia, el Card. Stanisław Dziwisz, consagró el templo dedicado a Juan Pablo II.

También fue histórica la visita del Papa Francisco, que el 30 de julio de 2016 celebró la Santa Misa junto a las reliquias de San Juan Pablo II.

Últimamente se ha finalizado la construcción del complejo del museo, en el que está prevista una exposición que reflejará los mensajes más importantes que dejó San Juan Pablo II. En el futuro, gracias a la amabilidad de los donantes, se construirán nuevas instalaciones en el Centro papal en Białe Morza: un Centro de Conferencias, una Casa de Peregrinos y un Centro de Retiro y un Centro de Rehabilitación.